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A Syst-OMICS Approach to Ensuring Food Safety and Reducing the Economic Burden of Salmonellosis

Article scientifique 2017 Anglais

Résumé

The Salmonella Syst-OMICS consortium is sequencing 4,500 Salmonella genomes and building an analysis pipeline for the study of Salmonella genome evolution, antibiotic resistance and virulence genes. Metadata, including phenotypic as well as genomic data, for isolates of the collection are provided through the Salmonella Foodborne Syst-OMICS database (SalFoS), at https://salfos.ibis.ulaval.ca/. Here, we present our strategy and the analysis of the first 3,377 genomes. Our data will be used to draw potential links between strains found in fresh produce, humans, animals and the environment. The ultimate goals are to understand how Salmonella evolves over time, improve the accuracy of diagnostic methods, develop control methods in the field, and identify prognostic markers for evidence-based decisions in epidemiology and surveillance.

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Emond-Rhéault, J.-G., Jeukens, J., Freschi, L., Kukavica‐Ibrulj, I., Boyle, B., Dupont, M.-J., Colavecchio, A., Barrère, V., Cadieux, B., Arya, G., Békal, S., Berry, C., Burnett, E., Cavestri, C., Chapin, T. K., Crouse, A., Daigle, F., Danyluk, M. D., Delaquis, P., Dewar, K., Doualla‐Bell, F., Fliss, I., Fong, K., Fournier, É., Franz, E., Garduño, R. A., Gill, A., Gruenheid, S., Harris, L. J., Huang, C., Huang, H., Johnson, R. P., Joly, Y., Kerhoas, M., Kong, N., LaPointe, G., Larivière, L., Loignon, S., Malo, D., Moineau, S., Mottawea, W., Mukhopadhyay, K., Nadon, C., Nash, J. J., Feze, I. N., Ogunremi, D., Perets, A., Pilar, A. V. C., Reimer, A., Robertson, J. A., Rohde, J. R., Sanderson, K. E., Song, L., Stephan, R., Tamber, S., Thomassin, P. J., Tremblay, D. M., Usongo, V., Vincent, C., Wang, S., Weadge, J. T., Wiedmann, M., Wijnands, L. M., Wilson, E. D., Wittum, T. E., Yoshida, C., Youfsi, K., Weimer, B. C., Goodridge, L., & Lévesque, R. C. (2017). A Syst-OMICS Approach to Ensuring Food Safety and Reducing the Economic Burden of Salmonellosis. Frontiers in Microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00996

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Auteur(s)

Jean-Guillaume Emond-Rhéault Julie Jeukens Luca Freschi Irena Kukavica‐Ibrulj Brian Boyle Marie-Josée Dupont Anna Colavecchio Virginie Barrère Brigitte Cadieux Gitanjali Arya Sadjia Békal Chrystal Berry Elton Burnett Camille Cavestri Travis K. Chapin Alanna Crouse France Daigle Michelle D. Danyluk Pascal Delaquis Ken Dewar Florence Doualla‐Bell Ismaı̈l Fliss Karen Fong Éric Fournier Eelco Franz Rafael A. Garduño Alexander Gill Samantha Gruenheid Linda J. Harris Carol Huang Hongsheng Huang Roger P. Johnson Yann Joly Maud Kerhoas Nguyet Kong Gisèle LaPointe Line Larivière Stéphanie Loignon Danielle Malo Sylvain Moineau Walid Mottawea Kakali Mukhopadhyay Céline Nadon John J. Nash Ida Ngueng Feze Dele Ogunremi Ann Perets Ana Victoria C. Pilar Aleisha Reimer James A. Robertson John R. Rohde Kenneth E. Sanderson Lingqiao Song Roger Stephan Sandeep Tamber Paul J. Thomassin Denise M. Tremblay Valentine Usongo Caroline Vincent Siyun Wang Joel T. Weadge Martin Wiedmann Lucas M. Wijnands Emily D. Wilson Thomas E. Wittum Catherine Yoshida Khadija Youfsi Bart C. Weimer Lawrence Goodridge Roger C. Lévesque

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