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Insights into malaria susceptibility using genome-wide data on 17,000 individuals from Africa, Asia and Oceania

Article scientifique 2019 Anglais

Résumé

The human genetic factors that affect resistance to infectious disease are poorly understood. Here we report a genome-wide association study in 17,000 severe malaria cases and population controls from 11 countries, informed by sequencing of family trios and by direct typing of candidate loci in an additional 15,000 samples. We identify five replicable associations with genome-wide levels of evidence including a newly implicated variant on chromosome 6. Jointly, these variants account for around one-tenth of the heritability of severe malaria, which we estimate as ~23% using genome-wide genotypes. We interrogate available functional data and discover an erythroid-specific transcription start site underlying the known association in ATP2B4, but are unable to identify a likely causal mechanism at the chromosome 6 locus. Previously reported HLA associations do not replicate in these samples. This large dataset will provide a foundation for further research on thegenetic determinants of malaria resistance in diverse populations.

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Band, G., Le, S. Q., Clarke, G. M., Kivinen, K., Hubbart, C., Jeffreys, A. E., Rowlands, K., Leffler, E. M., Jallow, M., Conway, D. J., Sisay-Joof, F., Sirugo, G., D’Alessandro, U., Touré, O., Théra, M. A., Konaté, S., Sissoko, S., Mangano, V., Bougouma, E. C., Sirima, S. B., Amenga–Etego, L., Ghansah, A., Hodgson, A. V. O., Wilson, M. D., Enimil, A., Ansong, D., Evans, J. L., Ademola, S. A., Apinjoh, T. O., Ndila, C., Manjurano, A., Drakeley, C., Reyburn, H., Phu, N. H., Quyen, N. T. N., Thai, C. Q., Hien, T. T., Teo, Y. Y., Manning, L., Laman, M., Michon, P., Karunajeewa, H., Siba, P., Allen, A., Bahlo, M., Davis, T. M. E., Simpson, V., Shelton, J., Spencer, C. C. A., Busby, G., Kerasidou, A., Drury, E., Stalker, J., Dilthey, A., Mentzer, A. J., McVean, G., Bojang, K., Doumbo, O. K., Modiano, D., Koram, K., Agbenyega, T., Amodu, O. K., Achidi, E., Williams, T. N., Marsh, K., Riley, E. M., Molyneux, M. E., Taylor, T. E., Dunstan, S. J., Farrar, J., Müeller, I., Rockett, K. A., & Kwiatkowski, D. (2019). Insights into malaria susceptibility using genome-wide data on 17,000 individuals from Africa, Asia and Oceania. Nature Communications. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13480-z

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Auteur(s)

Gavin Band Si Quang Le Geraldine M Clarke Katja Kivinen Christina Hubbart Anna E. Jeffreys Kate Rowlands Ellen M. Leffler Muminatou Jallow David J. Conway Fatoumatta Sisay-Joof Giorgio Sirugo Umberto D’Alessandro Ousmane Touré Mahamadou A. Théra Salimata Konaté Sibiri Sissoko Valentina Mangano Edith C. Bougouma Sodiomon B. Sirima Lucas Amenga–Etego Anita Ghansah Abraham V. O. Hodgson Michael D. Wilson Anthony Enimil Daniel Ansong Jennifer L. Evans Subulade A. Ademola Tobias O. Apinjoh Carolyne Ndila Alphaxard Manjurano Chris Drakeley Hugh Reyburn Nguyen Hoan Phu Nguyen Thi Ngoc Quyen Cao Quang Thai Tran Tinh Hien Yik Ying Teo Laurens Manning Moses Laman P Michon Harin Karunajeewa Peter Siba Angela Allen Melanie Bahlo Timothy M. E. Davis Victoria Simpson Jennifer Shelton Chris C. A. Spencer George Busby Angeliki Kerasidou Eleanor Drury Jim Stalker Alexander Dilthey Alexander J. Mentzer Gil McVean Kalifa Bojang Ogobara K. Doumbo David Modiano Kwadwo Koram Tsiri Agbenyega Olukemi K. Amodu Eric Achidi Thomas N. Williams Kevin Marsh Eleanor M. Riley Malcolm E. Molyneux Terrie E. Taylor Sarah J. Dunstan Jeremy Farrar Ivo Müeller Kirk A. Rockett Dominic Kwiatkowski

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